La sua fondazione viene fatta risalire ai Romani (il suo stemma reca la scritta Descendit ex patribus romanorum).
A partire dal IX secolo, prima (in ordine cronologico) fra le repubbliche marinare, rivaleggiò con Pisa, Venezia e Genova per il controllo del Mar Mediterraneo.
Il Codice Marittimo di Amalfi, meglio noto col nome di Tavole amalfitane, ebbe una grande influenza fino al XVII secolo.
Amalfi raggiunse il proprio massimo splendore nell'XI secolo, dopodiché iniziò una rapida decadenza: nel 1131 fu conquistata dai Normanni e nel 1135 e 1137 saccheggiata dai pisani. Nel 1343, poi, una tempesta con conseguente maremoto distrusse gran parte della città.
Per tradizione, ogni anno un equipaggio di vogatori amalfitani partecipa alla Regata delle Antiche Repubbliche Marinare, sfidando gli armi delle città di Genova, Pisa e Venezia.
Per un errore di interpretazione di un testo latino, che riferiva invece che l'invenzione della bussola era attribuita dallo storico Flavio Biondo agli Amalfitani, il filologo Giambattista Pio sostenne che la bussola fosse stata inventata dall'amalfitano Flavio Gioia. Nel testo in questione (Amalphi in Campania veteri magnetis usus inventus a Flavio traditur), tuttavia, non bisogna intendere Flavio come l'inventore della bussola, ma solo come colui che ha riportato la notizia: appunto Flavio Biondo[4]. Tuttavia i navigatori amalfitani potrebbero essere stati tra i primi ad usare quello strumento. "Un’antica tradizione amalfitana si riferisce, invece, ad un certo Giovanni Gioia quale inventore dello strumento marinaro"[5].
Particolarmente fiorente nella storia della città, e tuttora viva solo in due cartiere residue sulle molte presenti ed ormai in rovina, è l'industria cartaria, legata alla produzione della pregiata carta di Amalfi. In città infatti è possibile visitare il Museo della Carta di Amalfi.
